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Plutôt que de construire de coûteuses fortifications pour défendre sa nouvelle colonie de Colombie-Britannique, Londres décide de s'en remettre à la Marine royale britannique. Dès 1858 commence la construction d'une importante base navale à Esquimalt, avec installations portuaires et dépôt de charbon, pour recevoir l'escadre du Pacifique de la Marine britannique.

Le superbe havre naturel d’Esquimalt, en Colombie-Britannique, fut l’objet d’arpentage par la Royal Navy dès 1846. En 1865, l’endroit devint la base principale de l’escadre du Pacifique de la marine britannique. La Royal Navy y demeura jusqu’à 1905.

En 1900, le Canada lève le 3e Bataillon (de service spécial) du Royal Canadian Regiment (RCR) pour remplacer la garnison britannique d'Halifax. Les dernières garnisons britanniques d'Halifax et d'Esquimalt se retirent du Canada en 1905 et en 1906. Le conseil de la milice, créé en 1904, prend la relève du commandement britannique. On décide de créer une identité militaire propre au Canada, qui se traduit par des uniformes distincts et un fusil différent de celui des troupes impériales britanniques.

La montée en puissance de l'Allemagne force l'Empire britannique à se concentrer sur les questions nationales, ce qui accélère le retrait des garnisons d'outre-mer. On demande aux dominions de contribuer à la défense de l'Empire, mais le Canada et l'Australie bloquent les tentatives de contrôle des contributions en troupes. En 1907, les deux pays acceptent de participer à un système d'état-major général impérial en vue d'élaborer des plans de défense communs.